Intro Monty Hall 문제를 이해하고 확장해 볼 수 있으며, 심슨의 역설을 이해합니다. Monty Hall Problem Monty Hall 문제는 Monty가 사회를 맡은 유명한 퀴즈쇼 프로그램입니다. 1, 2, 3번 3개의 문이 있고 그 뒤에 자동차 한 대, 염소 두 마리가 있습니다. 참가자는 우선 문 1개를 선택합니다. Mo...
ch5. Conditioning Continued, Law of Total Probability
Intro 전체 확률의 법칙을 이해하고 문제풀이에 적용할 수 있으며, 조건부 독립의 개념을 이해합니다. How to Solve the Problem 어떤 문제를 풀 때 다음 두 가지 방법을 적용해 볼 수 있습니다. 간단한 케이스와 극단적인 케이스에 적용해보기 문제를 작은 문제들로 쪼개서 생각해보기 Law of Total ...
(EDWITH-KOBIC) NGS 데이터 분석 기초편
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ch4. Conditional Probability
Intro 사건의 독립(independence)과 조건부 확률(conditional probability)의 개념을 이해하고 적용할 수 있습니다. Independence 독립의 정의는 다음과 같습니다. Events A, B are independnet if $P(A \cap B) = P(A)P(B)$Note: completely d...
Phred Score (Base Call Quality Score)
Definition Sequencing 결과로 나온 base call이 얼마나 정확한지 나타내는 수치입니다. Fastq 파일 내 각 read의 네 번 째 line을 구성합니다. Phred+33 encoding과 ASCII 표기법을 사용합니다. 아래와 같은 계산식으로 score를 산출합니다. $ Q = -10log_{10}^{(e)} $ e는 b...
Fastq
Definition Fastq는 NGS 결과로 생성된 sequence data와 이에 상응하는 quality score 정보를 담고 있는 text 파일입니다. Bioinformatics 분야의 standard data format이기 때문에 대부분 분석 tool에서 input으로 사용합니다. Fastq Format Fastq form...
ch3. Birthday Problem, Properties of Probability
Intro 확률의 non-naive한 정의의 공리를 이용하여 확률의 특성을 증명할 수 있습니다. 포함-배제의 원리를 이해합니다. Birthday Problem K명의 사람이 있을 때 2명의 생일이 같을 확률을 생각해 봅니다. 1년은 365일이고 모든 날이 생일일 확률은 같다고 가정합니다. 또한 모든 생일은 독립이라고 가정합니다. K...
ch2. Story Proofs, Axioms of Probability
Intro 확률의 naive한 정의로 접근하기 어려운 경우를 알아내고, story proof를 통한 접근을 학습합니다. 또한 확률의 non-naive한 정의를 위한 공리 2가지를 이해하고 적용할 수 있습니다. Tips for Solving Problems (header) order matter ...
(EDWITH-KOBIC) Python 기초
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ch1. Probability and Counting
Intro 확률의 기초 용어(표본공간과 사건, 셈 원리)를 이해하고 적용할 수 있습니다. Statistics (통계학) Statistics is the logic of uncertainty. 확률은 불확실성을 계량화하는 것을 가능하게 해줍니다. Sample Space (S, 표본공간) A sample space is the se...