본 post는 국가생명연구자원정보센터(KOBIC) 주관 포항공과대학교 노태영 교수님의 후성유전체 데이터 생산과 분석1를 정리한 내용입니다.
Intro
시퀀싱의 원리를 이해합니다.
ChIP-Seq 기술을 이해하고 데이터 생산과 분석 과정을 학습합니다.
시퀀싱 기술의 기초
Sanger sequencing은 template DNA와 primer, ddNTP, dNTP를 이용하여 서열을 분석하는 방법입니다.
Sanger Sequencing
https://www.edwith.org/epigenome-2023/lecture/1473438
최근에는 다양한 NGS platform이 개발되어 서열분석에 사용되고 있습니다. DNA methylation, TF binding regions 분석은 ChIP-Seq을 사용하여 분석할 수 있습니다.
ChIP-Seq
Cell lysis를 통해 chromatin을 얻고 MNase digestion/sonication을 통해 뉴클레오좀 단위로 분해합니다. Immumo-precipitation을 통해 뉴클레오좀만 분리한 뒤 히스톤 단백질 가수분해 효소를 처리하여 DNA를 얻습니다. 이후 library를 생성하고 시퀀싱하여 서열을 분석합니다.
ChIP-Seq
https://www.edwith.org/epigenome-2023/lecture/1473438
ChIP-Seq 데이터 분석 파이프라인은 다음과 같습니다. Rawdata를 얻은 뒤 QC를 거쳐 reference genome에 mapping, peak detection을 합니다. 이후 statistical 분석과 functional 분석을 통해 각종 epigenetic 정보를 확인합니다.
ChIP-Seq Analysis
https://www.edwith.org/epigenome-2023/lecture/1473438
Take Home Message
후성유전적 변화에 따른 세포 운명 결정을 알아봤습니다. 발생과 분화 단계의 후성유전적 변화 및 질환에서 발견되는 후성유전적 이상을 알아봤습니다.