본 post는 LAIAD에서 제공하는 부산대학교 이해승 교수님의 생물정보학을 위한 R프로그래밍을 정리한 내용입니다. Intro R 프로그래밍 기초를 익힙니다. R을 활용한 전사체 정보를 분석합니다. 데이터 분석 과정 데이터 분석 과정은 다섯 개의 단계로 구성됩니다. 데이터 준비부터 데이터 분석까지 효...

본 post는 LAIAD에서 제공하는 가톨릭의과대학 김태민 교수님의 Big Data in Precision Oncology를 정리한 내용입니다. Intro TCGA 멀티오믹스 데이터의 형태 및 분석 활용법을 학습합니다. mRNA/miRNA의 형태 및 응용분석 예제를 학습합니다. Mutation, ...

Intro AMP guideline에 대해 알아봅니다. AMP guideline AMP Guideline은 2017년 AMP(Association for Molecular Pathology)에서 발표한 NGS 변이 해석 가이드라인으로 ‘Standards and Guidelines for thr Interpretation and Rep...

본 post는 LAIAD에서 제공하는 가톨릭의과대학 김태민 교수님의 Big Data in Precision Oncology를 정리한 내용입니다. Intro TCGA 및 ICGC 등의 데이터베이스 개요 및 구조를 학습합니다. TCGA (The Cancer Genome Atlas Program) TCGA는 NIH에서 2005년부터 20...

본 post는 BROAD INSTITUTE의 Polygenic Scores 사이트를 정리한 내용입니다. PRS(Polygenic Risk Score) PRS는 한 사람의 유전정보에 근거하여 특정 질환의 위험도를 예측하는데 사용하는 score 입니다. 특정 질환 발병위험에 대한 유전적 배경지식을 아는 것은 당신의 건강과 관련된 중요한 결정을 하는...

퀵 정렬 퀵 정렬은 병합 정렬과 마찬가지로 분할 정복(Devide and Conquer) 기법과 재귀 알고리즘을 이용한 정렬 알고리즘 입니다. 임의의 값을 한 개 정한 뒤, 그보다 작은 값은 왼쪽으로 위치시키고 큰 값은 오른쪽으로 위치시킵니다. 이후에는 분리된 왼쪽, 오른쪽 배열들 내에서만 위 과정을 반복해서 정렬하면 되는 알고리즘 입니다. 파...

병합 정렬 병합 정렬은 입력 배열을 절반으로 나눈 뒤 각각 독립적으로 정렬합니다. 그리고 마지막에 정렬된 두 배열을 병합하여 최종 정렬된 배열을 얻는 알고리즘 입니다. 즉, 분할 정복(Devide and Conquer) 기법과 재귀 알고리즘을 이용하여 정렬하는 알고리즘 입니다. [5, 3, 7, 1, 4, 2, 6, 8] # 배열을 둘로 나...

삽입 정렬 삽입 정렬은 이미 정렬되어 있는 i개짜리 배열에 하나의 원소를 더해서 i+1개까지 배열을 만드는 과정을 반복합니다. 선택 정렬, 버블 정렬은 n개까지 배열에서 시작하여 loop 크기를 1씩 줄여나가는 데 반해서, 삽입 정렬은 반대로 1개짜리 배열에서 1씩 늘려나가는 데 차이가 있습니다. i i+1 [5, 3, 15, 34, 22, ...

버블 정렬 버블 정렬은 제일 큰 원소를 끝자리로 옮기는 작업을 한다는 점에서 선택 정렬과 유사합니다. 다만 제일 큰 원소를 끝자리로 옮기는 방법이 상이합니다. 배열 A[1, …, n]에서 \(A[1]\) 원소부터 순서대로 이웃한 오른쪽 원소와 비교합니다. 만약 올바르게 정렬되어 있지 않으면 둘의 자리를 바꿉니다. 올바르게 정렬되어 있다면 그대로 ...

선택 정렬 선택 정렬은 원리가 간단한 정렬 알고리즘 중 하나입니다. 배열 A[1, …, n]에서 가장 작은(or 큰) 원소를 찾아 배열의 첫(or 끝)자리에 있는 \(A[1](or A[n])\)과 자리를 바꿉니다. \(A[1](or A[n])\) 원소에 대한 배열은 끝났으므로 나머지 원소를 대상으로 같은 작업을 반복합니다. # 초기 min_i...