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Long Read Sequencing VII - Visualization
본 post는 국가생명연구자원정보센터(KOBIC) 주관 서울대학교 박사 후 연구원 김준님의 Visualization를 정리한 내용입니다. Intro Visualization에 가장 널리 쓰이는 circos plot에 대해 알아봅니다. Circos Plot Circos Plot은 chromosome, alignment, SNP/SV ...
Long Read Sequencing VI - SV Calling
본 post는 국가생명연구자원정보센터(KOBIC) 주관 서울대학교 박사 후 연구원 김준님의 SV Calling를 정리한 내용입니다. Intro Structural variant에 대해 배웁니다. SV calling pipeline을 실습합니다. SV(Structural Variant) 5V는 50bp...
Long Read Sequencing V - Assembly Quality 확인
본 post는 국가생명연구자원정보센터(KOBIC) 주관 서울대학교 박사 후 연구원 김준님의 Assembly Quality 확인를 정리한 내용입니다. Intro Assembly quality 확인하는 기본적인 방법들을 알아봅니다. 간단한 visualization 스크립트를 익힙니다. Assembly Qua...
Long Read Sequencing IV - Repeat/Gene Annotation
본 post는 국가생명연구자원정보센터(KOBIC) 주관 서울대학교 박사 후 연구원 김준님의 Repeat/Gene Annotation를 정리한 내용입니다. Intro 유전자 정보를 확보하는 방법에 대해 알아봅니다. 반복서열을 masking하는 방법에 대해 알아봅니다. Repeat Masking Repe...
(coursera) Machine Learning Applied
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Long Read Sequencing III - 유전체 크기 추정하기
본 post는 국가생명연구자원정보센터(KOBIC) 주관 서울대학교 박사 후 연구원 김준님의 유전체 크기 추정하기를 정리한 내용입니다. Intro 유전체 크기를 추정하는 다양한 방법에 대해 알아봅니다. 시퀀싱 데이터로부터 직접 유전체 크기를 추정해봅니다. 앞으로 강의에서 다루는 분석내용은 STAR ...
Long Read Sequencing II - 유전체 지도 작성 개괄
본 post는 국가생명연구자원정보센터(KOBIC) 주관 서울대학교 박사 후 연구원 김준님의 유전체 지도 작성 개괄를 정리한 내용입니다. Intro 유전체 지도 작성법에 대해 간략히 이해해 봅니다. 현존하는 세 가지 롱리드 시퀀싱 방식의 특징에 대해 알아봅니다. 2022년에 공개된 인간 유전체 지도...
Long Read Sequencing I - Introduction
본 post는 국가생명연구자원정보센터(KOBIC) 주관 서울대학교 박사 후 연구원 김준님의 롱리드 시퀀싱 개요를 정리한 내용입니다. Intro 시권싱 기법과 이를 활용한 생물학 연구 방법론에 대해 알아봅니다. 롱리드 시퀀싱과 기존 숏리드 시퀀싱 기법의 차이를 알아봅니다. 롱리드 시퀀싱 기법을 활용...
파이썬을 활용한 데이터 분석 (중급) - 11. Summary
본 post는 국가생명연구자원정보센터(KOBIC) 주관 인사이트마이닝 이부일 CEO의 전체 강의를 정리한 내용입니다. 일표본 검정 일표본 검정 https://www.edwith.org/python-data-analysis-2023/lecture/1475052 독립2표본 검정 독립2표본 검정 https://www.edwith.org/py...