PaperAI 요약
비소세포폐암 FFPE의 DNA·RNA 동시 앰플리콘 NGS 융합변이 검출
· Translational oncology
Feng Q, Wang Y, Huang M, Yang X, Lian S, Wang P, Qiao D, Zhang B
DOI: 10.1016/j.tranon.2026.102955
요약
저입력량 및 장기 보관 FFPE 검체에서 융합 변이 검출률과 DNA·RNA 통합 패널의 분석 성능을 검증했다.
비소세포폐암 진단 시 융합 변이와 엑손 스킵핑 검출을 위한 RNA 기반 검사는 FFPE 조직의 손상과 표본량 부족으로 인한 실패율이 높다. 연구진은 20ng의 코-추출(co-extracted) DNA와 RNA를 단일 튜브에서 동시 증폭하는 앰플리콘 기반 NGS(D+R NGS) 패널을 구축하고 759개 임상 표본에서 성능을 평가했다.
무엇을 했나
- 20ng의 DNA와 RNA를 코-추출해 단일 튜브 앰플리콘 방식으로 라이브러리를 제작하고 동시 시퀀싱하는 D+R NGS 분석 프로세스를 설계했다.
- 신선 수술 검체 46건에서 ddPCR과의 일치도를 검증하고, 수술 172건·생검 168건·세포진 142건 표본에서 검사 성공률을 산출했다.
- 1~8년간 보관된 아카이브 FFPE 표본 231건을 대상으로 기존 RT-PCR 및 DNA NGS 결과와의 일치율과 추가 변이 탐지 성능을 비교했다.
- ddPCR과 100% 일치도를 보였으며, 기존 RNA QC 기준 미달로 탈락했던 표본 11건 중 5건에서도 액셔너블 융합 변이를 성공적으로 검출했다.
왜 눈여겨볼 만한가
조직량이 적은 생검·세포진 검체나 장기 보관 FFPE는 RNA 품질 저하로 RNA 패널 검사가 실패하기 쉽다. 본 패널은 5~10ng 수준의 저입력 RNA 및 QC 탈락 검체에서도 융합 변이 검출 능력을 보여주었으며, DNA NGS 단독 검사에서 음성이었던 검체 중 18.2%에서 추가 융합 변이(ROS1, MET exon 14 skipping 등)를 찾아냈다. 보관 기간에 따른 리드 수 감소 경향이 확인되므로 아카이브 검체 분석 시 깊은 시퀀싱 깊이를 확보하는 전략과 함께 임상 검사에 적용해 볼 만하다.
원문
- Translational oncology · DOI 10.1016/j.tranon.2026.102955