PaperAI 요약
유전체 시퀀스 딥러닝 모델링 및 해석을 단순화한 DeepGeSeq
최소한의 설정만으로 시퀀스 기반 기능 예측과 scATAC-seq, MPRA 분석 파이프라인을 구축한다.
·Bioinformatics (Oxford, England)
Radar
Radar
23임상 유전체·NGS 분야에서 주시하고 있는 논문과 뉴스
Paper 22News 1Bioinformatics (Oxford, England) 6STAR protocols 3Nature Genetics 2Nature Methods 2Nature computational science 2Translational oncology 1
PaperAI 요약
비소세포폐암 FFPE의 DNA·RNA 동시 앰플리콘 NGS 융합변이 검출
저입력량 및 장기 보관 FFPE 검체에서 융합 변이 검출률과 DNA·RNA 통합 패널의 분석 성능을 검증했다.
·Translational oncology
PaperAI 요약
단일세포 데이터 기반 인핸서-유전자 상호작용 예측 모델 scE2G
다양한 세포 유형과 조직에서 인핸서와 표적 유전자 간 조절 네트워크를 정밀하게 연결한다.
·Nature Genetics
PaperAI 요약
롱리드 전사체 다차원 분석을 통합한 Nextflow 파이프라인
PacBio와 ONT 데이터에서 전사체 동정과 스플라이싱, TE 전사 등 하류 분석을 단일 워크플로우로 통합했다.
·Bioinformatics (Oxford, England)
PaperAI 요약
조합 바코딩 Tn5 기반 단일세포 전장 전사체 라이브러리 제작법
미세 조직 및 단일 세포 수준에서 고처리량 전장 전사체 라이브러리를 구축하는 단계별 상세 가이드다.
·STAR protocols
PaperAI 요약
추측 디코딩을 통한 유전체 및 단백질 파운데이션 모델 추론 가속화
소형 초안 모델과 대형 검증 모델의 병렬 처리로 출력 품질 저하 없이 추론 속도를 최대 2배 향상했다.
·Bioinformatics (Oxford, England)
PaperAI 요약
공간 단백체 데이터의 세포 분류 정확도를 높이는 CellTune
휴먼인더루프 능동 학습 워크플로우를 활용해 데이터 분석 정밀도를 향상한다.
·Nature Methods
PaperAI 요약
지속 학습 기반 단일세포 다중오믹스 통합 모델 MIRACLE
전체 재통합 과정 없이 신규 오믹스 데이터를 누적 반영하여 아틀라스를 효율적으로 확장한다.
·Nature computational science
PaperAI 요약
scAutoTune을 이용한 단일세포 전사체 분석 파라미터 자동 최적화 프로토콜
Grid 기반 탐색과 Silhouette 지표로 Seurat 데이터의 최적 UMAP 및 클러스터를 도출한다.
·STAR protocols
PaperAI 요약
벌크 전사체 기반 암세포 이질성 분해 알고리즘 CDState
비지도 학습 기반으로 벌크 RNA-seq에서 악성 세포 상태와 비율을 추정한다.
·Cancer research
PaperAI 요약
분비 단백질 신호 활성을 추정하는 연산 프레임워크 SecAct
공간, 단일세포, 벌크 전사체에서 1,170개 분비 단백질의 신호 활성을 추정한다.
·Nature Methods
PaperAI 요약
공간 미세환경을 반영하는 디컨볼루션 알고리즘 NicheDeSig
고정된 레퍼런스 시그니처의 한계를 극복하고 공간 니치에 따른 세포 상태 변화를 함께 추정한다.
·Bioinformatics (Oxford, England)
PaperAI 요약
마우스 골막 및 골내막 중간엽 세포 분리를 위한 scRNA-seq 프로토콜
EDTA 탈칼슘화와 효소 처리, lineage depletion을 조합해 중간엽 세포 수득률과 생존율을 높인 전처리 기법이다.
·STAR protocols
PaperAI 요약
나노포어 기반 Nano-Mod-Amp로 규명한 PUS7 슈도유리딘 타겟팅 기전
타깃 유리의 접근성과 RNA 구조가 PUS7의 mRNA 변식을 결정한다
·Cell genomics
PaperAI 요약
단일세포와 공간전사체로 본 인간 신장 발달의 미세환경
신장 발생 과정에서 세포 운명 결정에 미치는 미세환경의 공간적 역할을 규명했다.
·Nature Genetics
PaperAI 요약
공간전사체 범용 표현 학습 모델 SpatialFormer
서브셀룰러 분포부터 다세포 조직까지 아우르는 멀티모달 공간전사체 학습 프레임워크
·Nature computational science
NewsAI 요약
생쥐 모델의 폐 전이 단계별 시공간 다중오믹스 분석
공간전사체와 단일세포 오믹스로 생쥐 모델의 폐 전이 9단계를 분석했다.
·GEN
PaperAI 요약
RNA-Seq 커버리지 불균일성의 원인과 기존 개선 방법 검증
전사체 라이브러리 제작 시 발생하는 커버리지 불균일성은 단일 요인으로 설명되지 않으며 기존 개선법의 효과가 미미하다.
·RNA (New York, N.Y.)
PaperAI 요약
멀티오믹스 단일세포 Hi-C 데이터 전처리 도구 map3C
크로마틴 구조와 전사체나 메틸화 데이터를 동시에 처리하는 파이프라인이다.
·Bioinformatics (Oxford, England)
PaperAI 요약
단일세포 파운데이션 모델 내 염증 기반 노화 신호의 교란 요인 검증
사전 학습되지 않은 scGPT와 Geneformer가 포착한 노화 신호가 샘플링 편향인지 실제 염증 생물학인지 평가했다.
·Biogerontology
PaperAI 요약
Shiny 기반 오믹스 통합 분석 도구 BRIDGE
단일 및 다중 오믹스 데이터를 로컬 환경에서 대화형으로 분석하고 시각화한다.
·Bioinformatics (Oxford, England)
PaperAI 요약
플랫폼·조직 제약을 줄인 전사체 기반 연령 예측 모델 Pasta
벌크·단일세포 RNA-seq 전반에 적용해 노화 및 회춘 조절 화합물과 유전자를 선별한다.
·Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
PaperAI 요약
단일세포 멀티오믹스 통합을 위한 적응형 모듈 전략 AGSI
유전자 모듈과 반복적 신뢰도 평가를 결합한 AGSI의 멀티오믹스 통합 성능
·Computer methods and programs in biomedicine