RNase 억제 기반 공간전사체 샘플 보존 기술 RIPIN

이미지 기반 공간전사체 기술은 RNA 잔존도에 데이터 품질이 크게 좌우되지만, 기존 조직 보존 방식은 RNA 보호를 최우선으로 설계되지 않았다. 특히 조직마다 내인성 RNase 활성도가 달라 보존 처리 방식에 따른 데이터 변동이 심했다. 본 연구는 MERFISH를 활용해 RNase 활성이 데이터 품질에 미치는 영향을 규명하고, 이를 제어하는 범용 조직 보존 기술인 RIPIN을 제시한다.

무엇을 했나

• MERFISH를 활용해 다양한 조직 보존 방식에서 내인성 RNase 활성이 공간전사체 데이터 품질에 미치는 영향을 평가했다.
• 광범위 RNase 억제제로 초기 변성을 막은 뒤 화학적 불활성화를 유도하는 범용 조직 보존 기술인 RIPIN(Rapid Inhibition and Permanent Inactivation of Nucleases)을 개발했다.
• 인체 및 마우스의 다양한 조직에 RIPIN을 적용해 MERFISH 데이터의 품질 개선 효과를 확인했다.
• 동결 절편과 파라핀(FFPE) 절편 제작 과정 모두에 적용 가능하며 임상 워크플로우와 호환됨을 확인했다.

왜 눈여겨볼 만한가

RNase 활성이 높아 공간전사체 데이터 확보가 어려웠던 샘플에서 데이터 품질을 안정적으로 끌어올리는 대안이 될 수 있다. 기존 동결 및 파라핀 절편 워크플로우를 크게 바꾸지 않고 전처리 단계에 도입할 수 있다는 점이 실용적이다. 다만 본 논문에서는 MERFISH 데이터 위주로 검증되었으므로, Xenium이나 Visium HD 등 타 공간전사체 플랫폼 및 프로브 탐지 효율에 미치는 영향은 추가 검증이 필요해 보인다.

원문

• bioRxiv Genomics · DOI 10.64898/2026.09.07.749899