나노포어 롱리드 시퀀싱을 활용한 HIV 약제내성 변이 및 해플로타입 분석

기존 Sanger 시퀀싱이나 짧은 리드 NGS로는 HIV 바이러스 개체 내의 저빈도 약제내성 변이나 개별 유전체 상 변이 간 물리적 연결 상태(해플로타입)를 명확히 파악하기 어려웠다. 본 연구는 나노포어 기반 롱리드 시퀀싱(G-seq500)을 적용해 내성 변이 검출 정확도를 평가하고 바이러스 다양성을 분석했다. Sanger 시퀀싱과의 교차 검증 및 쇼트리드 NGS 검증을 통해 롱리드 분석의 임상적 유용성을 평가했다.

무엇을 했나

• HIV 감염 환자 230명의 혈장 검체에서 추출한 유전체를 나노포어 기반 G-seq500 플랫폼으로 시퀀싱했다.
• Sanger 시퀀싱 결과와 비교 분석하고, 불일치를 보인 변이는 DNBSEQ-T7 쇼트리드 NGS로 추가 검증했다.
• G-seq500은 Sanger 시퀀싱 대비 약제내성 변이 검출에서 93.0%, 서브타입 분류에서 92.2%의 일치율을 보였다.
• 롱리드 기반 해플로타입 재구성을 통해 검체의 약 절반에서 복수의 바이러스 해플로타입을 관찰했으며, 동일 해플로타입 내 다중 내성 변이가 함께 존재하는 것을 확인했다.

왜 눈여겨볼 만한가

단순 컨센서스 염기서열 정보만 제공하던 기존 진단법과 달리, 롱리드 시퀀싱은 다중 약제내성 변이의 물리적 연쇄 상태를 단일 리드 수준에서 추적할 수 있다는 점에서 유용해 보인다. 특히 저빈도 내성 변이 검출과 개체 내 바이러스 다양성 분석에 강점이 있어, 치료 실패 원인 규명이나 복합 내성 패턴 연구에 검토해 볼 만하다. 다만 롱리드 플랫폼 특유의 오류율로 인한 저빈도 변이 검출의 위양성 가능성에 대해서는 쇼트리드 데이터를 통한 교차 검증 절차가 병행될 필요가 있다.

원문

• International journal of infectious diseases : IJID : official publication of the International Society for Infectious Diseases · DOI 10.1016/j.ijid.2026.109093