동일 조직 절편에서 공간전사체와 대사체를 동시 분석하는 OpenFISH

공간전사체와 대사체를 함께 분석해 세포 정체성과 대사 상태를 연결하려 할 때, 기존에는 기질과 화학 조건 및 이미징 방식의 충돌로 인해 동일한 조직 절편에서 정확한 정렬을 수행하기 어려웠다. OpenFISH는 이 한계를 극복하기 위해 오픈소스 기반의 모듈형 공간전사체 플랫폼과 MALDI-MSI 호환 워크플로우를 제시한다.

무엇을 했나

• 최적화된 조직 처리 프로토콜과 정합(registration) 파이프라인을 구축해 동일 절편에서 전사체와 대사체의 동시 매핑을 구현했다.
• 중추신경계 조직에 적용하여 세포 타입별 대사적 이질성과 해마의 구획별 대사 zonation을 확인했다.
• 5xFAD 마우스 모델을 분석해 미세글리아의 인지질 변화와 희돌기교세포의 리소포스파티딜에탄올아민 관련 특징 등을 포착했다.
• 면역 자극 후 전이전자(transposable element) 활성화와 Reeler 돌연변이의 선조체 신경원 패터닝 변화를 각각 정량 및 식별했다.

왜 눈여겨볼 만한가

전사체와 대사체를 동일 절편에서 단일세포 수준으로 엮어내기 위한 저비용·오픈소스 기반의 커스텀 프레임워크라는 점에서 공간 멀티오믹스 접근성을 넓혀준다. 다만 새로운 조직 처리 단계와 가이드 정합 파이프라인을 도입해야 하므로 기존 파이프라인과의 호환성과 재현성을 직접 검증해 볼 필요가 있다.

원문

• Neuron · DOI 10.1016/j.neuron.2026.09.007