공간전사체 11개 플랫폼별 전처리 워크플로우 벤치마크

공간전사체 데이터는 기술적 변동을 제거하고 생물학적 신호를 보존하는 전처리가 필수적이지만, 다양한 플랫폼을 아우르는 최적의 전략은 명확하지 않았다. 이 연구는 11개 주류 플랫폼의 데이터를 바탕으로 371개의 전처리 워크플로우를 체계적으로 비교하여 최적의 선택 기준을 제시한다.

무엇을 했나

• 11개 주류 공간전사체 플랫폼의 45개 데이터셋을 활용해 371개의 전처리 워크플로우를 벤치마크했다.
• 세포 분할과 분할 후 전사체 처리를 포함한 이미지 전처리 요인을 함께 평가했다.
• 모든 플랫폼에 통하는 범용 워크플로우는 없는 반면, 동일 플랫폼 데이터는 최적 전처리에서 높은 일관성을 보였다.
• 데이터 구조 특성과 전처리 단계가 성능에 미치는 영향을 파악하여 플랫폼별 권장안을 도출했다.

왜 눈여겨볼 만한가

플랫폼마다 데이터 특성이 달라 어떤 전처리를 적용해야 할지 고민하던 연구자에게 실질적인 가이드를 제공한다. 전처리가 잘못되면 미세한 생물학적 공간 패턴이 묻힐 수 있음을 보여주어, 새로운 데이터 분석 시 플랫폼 특성에 맞는 워크플로우를 점검하는 기준으로 활용해 볼 만하다. 다만 제시된 권장안이 본인의 연구 데이터와 다운스트림 분석 목적에도 정확히 부합하는지는 개별 검토가 필요하다.

원문

• bioRxiv Bioinformatics · DOI 10.64898/2026.09.24.753981