단일세포 ATAC-RNA 멀티오믹스 아틀라스 OSCAR

세포별 유전자 조절 메커니즘을 밝히기 위해 단일세포 ATAC-seq과 scRNA-seq을 동시에 분석하는 시도가 늘고 있으나, 대규모로 정제되어 연동된 레퍼런스를 활용하기는 여전히 번거롭다. 이 연구는 축적된 페어드 단일세포 데이터를 통합하여 유전자 조절 주석과 분석 기능을 제공하는 플랫폼을 구축했다.

무엇을 했나

• 30개 조직의 1,136개 샘플에서 확보한 7,749,898개의 인간 세포 데이터를 수집했다.
• 단일세포 ATAC-seq과 scRNA-seq 프로파일을 결합하여 세포 군집화와 peak-to-gene linkage를 도출했다.
• 슈퍼엔핸서, eRNA, eQTL, 전사인자 결합 부위 등 다양한 후성유전학적 주석 정보를 함께 구축했다.
• 세포 타입 농축 분석, 서열 기반 피크 조절 분석, 피크-유전자 연결 분석 등 3가지 온라인 분석 도구를 제공한다.

왜 눈여겨볼 만한가

다양한 조직의 멀티오믹스 데이터를 직접 가공하지 않고 웹상에서 쿼리와 브라우징을 통해 곧바로 조절 네트워크를 살펴볼 수 있다는 점에서 유용하다. 다만 대규모 퍼블릭 데이터 통합 아틀라스의 특성상 보유한 코호트나 질병 모델에 따른 배치 효과나 해상도의 한계가 있을 수 있으므로, 실제 분석 전 타당성 검토가 동반되어야 한다.

원문

• Nucleic acids research · DOI 10.1093/nar/gkag1033