FFPE 조직 고감도 단일세포 공간전사체 분석 기술 Decoder-FFPE-seq

기존 FFPE 조직 대상 공간전사체 기법은 단일세포 해상도와 전전사체 수준의 검출 감도, 높은 기술적 접근성을 동시에 확보하기 어려웠다. 본 연구는 dendrimeric DNA 좌표 바코딩과 프로브 전환 방식을 통합한 Decoder-FFPE-seq를 제시하여 이 문제를 다룬다. 보관된 임상 샘플에서도 미량 발현 유전자와 비코딩 전사체를 정밀하게 분석할 수 있는 기반을 마련했다.

무엇을 했나

• RNA-to-DNA 프로브 전환과 블롯팅 기반 dendrimeric DNA 바코딩을 통합하여 Decoder-FFPE-seq 플랫폼을 개발했다.
• 마우스 뇌 및 인간 FFPE 보관 조직 분석에서 기존 플랫폼 대비 2.6배 이상 높은 감도로 단일세포 해상도 전사체 지도를 구현했다.
• 확장 프로브 라이브러리를 적용해 구강 편평세포암 조직 내 lncRNA 및 바이러스 RNA와 mRNA 간의 공간 코규레이션 네트워크를 확인했다.
• 구강암 면역치료 코호트의 치료 전후 조직에서 치료 반응성 판단에 기여하는 CD8+ T 세포 하위 집단 2종을 식별했다.

왜 눈여겨볼 만한가

기존 FFPE 공간전사체에서 감도 문제로 탐색이 힘들었던 미량 발현 유전자나 lncRNA, 감염 바이러스 RNA를 세포 수준에서 동시 분석할 수 있다는 점이 유용하다. 다만 프로브 라이브러리 확장 및 블롯팅 단계가 포함되므로 실험 세팅과 비용 효율성을 따져볼 필요가 있다. 보관용 조직 코호트를 활용해 치료 반응 바이오마커를 발굴하려는 임상 전사체 연구에서 검토해 볼 만하다.

원문

• Science advances · DOI 10.1126/sciadv.ady5085